Sau khi được thành lập, Ban Thường vụ Đoàn Khối Doanh nghiệp luôn xác định công tác xây dựng Đoàn trong doanh nghiệp, đặc biệt là trong các doanh nghiệp ngoài khu vực nhà nước là một trong những nhiệm vụ quan trọng và thường xuyên. Trong những năm qua, dưới sự chỉ đạo của Ban Thường vụ Đảng ủy Khối, Ban Thường vụ Tỉnh đoàn; đặc biệt, sau khi Nghị quyết số 01 NQ/ĐTN, ngày 27/02/2009 của Ban chấp hành Tỉnh Đoàn Bình Thuận (khóa X) về việc đẩy mạnh xây dựng, cũng cố và đổi mới nội dung, phương thức hoạt động của tổ chức Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trong các Doanh nghiệp, Đoàn Khối đã cụ thể hóa bằng những chương trình, kế hoạch công tác hàng năm, đồng thời cử 01 đồng chí thường trực Đoàn Khối tham gia vào tổ thành lập Đoàn - Hội trong doanh nghiệp của tỉnh và tham gia vào tổ thành lập các đoàn thể chính trị xã hội của Đảng ủy Khối, qua đó công tác xây dựng tổ chức Đoàn trong Doanh nghiệp đạt được những kết quả tích cực. Bình quân hàng năm, Đoàn Khối đã vận động thành lập được từ 03-05 tổ chức cơ sở Đoàn trong doanh nghiệp. Tính đến nay, Đoàn Khối có 58 cơ sở với 2.470 đoàn viên thanh niên. Các cơ sở sau khi thành lập đã từng bước ổn định tổ chức, thường xuyên tổ chức các hoạt động vui chơi, giải trí, giao lưu, học tập, giáo dục truyền thống, đạo đức lối sống và trang bị kiến thức pháp luật cho thanh niên; vận động thanh niên sống và làm việc theo pháp luật; Ban chấp hành luôn nhiệt tình, gắn bó với công tác thanh niên, luôn đổi mới nội dung phương thức hoạt động để phù hợp với điều kiện đặc thù của đơn vị. Thông qua phong trào sáng tạo trẻ, việc đảm nhận thực hiện các công trình, phần việc thanh niên gắn với nhiệm vụ chuyên môn của tổ chức Đoàn đã góp phần nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh, tạo được uy tín trong doanh nghiệp. Qua đó, đã khẳng định được vai trò vị trí của tổ chức Đoàn trong doanh nghiệp và tạo được sự đồng thuận đối với chủ doanh nghiệp trong mọi hoạt động phong trào của Đoàn, đáp ứng nhu cầu chính đáng của đoàn viên thanh niên.

Tuy nhiên, vẫn còn một số cấp ủy, đoàn thể, chủ doanh nghiệp chưa nhận thức đúng đắn vị trí, vai trò, chức năng của tổ chức đoàn trong doanh nghiệp, còn ngán ngại và lúng túng trong xây dựng tổ chức đoàn trong doanh nghiệp tư nhân. Một số chủ doanh nghiệp, người sử dụng lao động không muốn thành lập tổ chức đoàn hoặc tìm cách hạn chế hoạt động của tổ chức đoàn; có nơi chưa thật sự quan tâm tạo điều kiện cho tổ chức đoàn hoạt động. Trong thời gian tới, các cấp ủy đảng cần phải quán triệt đầy đủ các Chỉ thị, Nghị quyết của Trung ương và của Tỉnh về công tác xây dựng tổ chức Đảng, đoàn thể chính trị xã hội trong doanh nghiệp đến chủ doanh nghiệp và người lao động; tổ chức Đoàn phải từng bước đổi mới nội dung phương thức hoạt động, cần phải có những phong trào sát với thực tế tại đơn vị, đặc biệt là các phong trào phải gắn với nhu cầu của thanh niên và nhiệm vụ chính trị, nhiệm vụ sản xuất kinh doanh của Doanh nghiệp làm cho các chủ Doanh nghiệp cảm thấy có tổ chức Đoàn sẽ mang lợi ích cho doanh nghiệp, từ đó có cơ sở để tiếp cận, vận động, thuyết phục chủ doanh nghiệp đồng ý thành lập tổ chức Đoàn.